Året er 1999 og Daniel er lige flyttet hjemmefra. Daniel er dygtig på universitetet men ikke så dygtig udi livet.

Da hans bedste ven vinder deres fælles ungdoms­flamme, kaster han sin kærlighed på en pige, der bor i bygningen overfor. Daniels betagelse tager til og udvikler sig til ren overvågning. Da han erfarer, at pigen bliver be­handlet dårligt af sin kæreste, får han fantasier om, hvordan han skal redde hende. Han beslutter sig for at tage affære, og det får katastrofale følger - både for menneskene omkring Daniel og for Daniels forståelse af sig selv og verden.

Samtidigt er der drama i hans studiegruppe. Veninden Maja bliver slået af sin kæreste og spørgsmålene trænger sig på: Hvordan redder man nogen, der ikke vil reddes, og måske vigtigst af alt: hvem skal redde Daniel?

Hendes øjne er grønne er en grotesk dannelses­roman om kærlighed og venskab - og om, hvor forvrænget verden bliver, når man betragter den gennem en kikkert.